Si queremos usa una version de Java distinta al default, como por ejemplo la de SUN, primero bajamos el pack desde synaptic, como por ej sun-java5-jre, sun-java5-jdk.
Luego le decimos a ubuntu que queremos usar esa version a traves de el siguiente comando:
#sudo update-java-alternatives -s java-1.5.0-sun
cambiando java-1.5.0-sun segun version bajada por synaptic.